mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGTTCTGTTTTGTGTTTTTA AGTCTAAACAGAGCAAAACGTTA GGGTGTTCAACGTCTTCTATTCTGTGTGTGGGTGTTCTGTTTTGTGTTTTTATTTGTGAGTCTAAACAGAGCAAAACGTTAACAAACATTGTAATGACGTCAAC GACCCTTTGTGTTCTGTTCTGCGTGCGAGTGTGGGTGTTCAACGTCTTCTATTCTGTGTGTGGGTGTTCTGTTTTGTGTTTTTATTTGTGAGTCTAAACAGAGCAAAACGTTAACAAACATTGTAATGACGTCAACAACGTAGCTTGGCTTCTATGGAAACGTGGAGTAGAAGATCGCGGTCACCAACAGGGAGAAGACAGGGGAGAAAGTGGCAGCTGCGGAGGTCTCACTGTTGGGCGGTGGAAGGTGGGTTCTCAGCCAATCACACACTTCGATGGCTTCAGTGGTGGCTTTGGTCTTGAAGACTGAGCTCTCGAAGAGGGCACATTTGTTCGGATCCAAATAGTAGTCAACGCAGCCCTTGGCCACCGAGAGTTTGCGGCATTTGATTTCCTCGTAGATGTTTCGGTAGCCGCCAGCTATGATGTCTTTGGGGTAAGTGGTGAGTAGGCCTTGGTCATTTTCGATGTCCAGACAATACTGGTACTTTTCAGCAACGTCTTCCTCACTGCAGGCAGGCTTGCAAACTTCATTGACGTGTTCTTTCAGTTGAGTGACATCAAACGGATTACGCAGTGCCAGCTTATGATCTTCACCATCCGGGAAAGTCAACATAGGATACTGGCAGGATATGTCTCTCACACATTGCTCCATGCCATCAAAGT 4 2 5' arm Alvinella_pompejana mirnest 100 100 -21.8 .........(((((...(((..(((.(((.((((((.((((((((...((((....)))).....)))))))).)))))).))).)))..)))..))))).... (-21.8)