mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGGTCATTTTGTTTACAGG TGTGAACATCTGGACCANGGGG GTGTTCAGATCCCTGGTCATTTTGTTTACAGGACCAGGTTCTCTAGGACCTCAGGAAAGAGCTTCCTTTTACCACAATGCCGGACTGATATTTTATATGTGTCTGACCCTTGTGAACATCTGGACCANGGGGACGAGGGT CCGGACCAGGATTTAGNAGTACCCTTCTGCTGACGTTGAAACCCAGATTAATTCCTCATCGTATTTCTCTCTATTTTTAAAGGTCTAAAACTATGTAAAGAAAGATTCTTTCAAGGTGAAGGAAATAGGATCATTGTTTCTTTCGCTGGTGGGGACAATGATCCTAACAAAGCAGTATCGTTGTATACACTCGTCTAGTTGTCAATGCACAAAGGGTCATCTAAGTGAAGATGTGATCTTCTTAGTGTTTCAACAACTCAACTGGAATCCGAAGTTGATTGCGACTCTTTCATGCGTATGCAAATGGTTTGATGATCTTGCCAAGAGAGTACTATGGAAAGAATTCTGCAAAACAAGGGCCCCAAAGATGATGCTTGATCTGCAATCTAGTGGAAGTCACAGTGTTGATGGGAACTGGAGAGCCCTTGGAAAACTGCTTATCTATTGTTCAGGTTGTAGCGGTGGTCGCTTGTTCAATAGTGTTCAGATCCCTGGTCATTTTGTTTACAGGACCAGGTTCTCTAGGACCTCAGGAAAGAGCTTCCTTTTACCACAATGCCGGACTGATATTTTATATGTGTCTGACCCTTGTGAACATCTGGACCANGGGGACGAGGGTGATGTGGGATTATACCGATGAGTATTCACGTCATTCTTGGTGTCAACGGTCGGAAGATGTGATTGACTGTGAGCAAGCTCATCCCCAGCAGTTGCCCTTATGTATGGAACGTTGGTGCATGTGAAGCTATATGTACGCAATGCAGCGGAGGTGGGGTCTCGGTGGTCGAGTACGCTCGCTATGGATGGTGGATGGCCTTGCCTGTCGATGAGCTGATCTGAATAAGACGCTGGCCTATGTTCTTGGACATTTTGAGCCCTTCCTCTCCTTTCTTCTCCCGCTCGTCTCTGTTAGTCTANNNNA 5 1 5' arm Gossypium_hirsutum mirnest 100 100 -34.4 ...(((...((((.((((....((((((((((...((((((....)))))).(((((.....))))).((.....))...(((((..((((...))))..)))))...))))))))))....))))..))))..)))... (-34.4)