mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCGTTGTCGTCGAAACCTGC GGGTTTCATGACAACGGGACA GCCCAGCTGGTCTGGGTTTCATGACAACGGGACATGGATTTGAATTTGTTCGTTGTCGTCGAAACCTGCCTCAGCGGCT TTTTTTTTGTTTTTTTTTTTAATGAACCTTTATTTCAGTTACTATATTCAGTAAGTATTCGACATTTAATGATATAATTCAATTAAAACGGAATATGATTAGCTATAGAATATCAAGGCAGACAAGTTGAATAGATTCGACGACTTTTACCCATCGTCCTATTTAGTTATCAATTATTCCATTCAACGTTTTGCAAACATTTACGGTTGTGAACTATTTACACTGTACACAGCAAGCAGACTGTGCCACATCTAAAAGCCATATAATTTGGATGATGCTGTTTCTTTACAAGCCCAGAAGCCCGTCGGTTCCTCATGGGACGTTCTGCTGCTGGGATGGCTGTCCTACCAGACCTGTCGTCATGCGTCTGGGGAGAGCGGTGATCCGGAGCAGACCGAGTGCTGTGGGATACGGTAACAAGCCCAGCTGGTCTGGGTTTCATGACAACGGGACATGGATTTGAATTTGTTCGTTGTCGTCGAAACCTGCCTCAGCGGCTGTTTCAAGCATCGGCTAGACGCCAGACCGACCGAAGGTCCTCCGGACGCGGTCAGCCATCGGGACGGAGTCCGTCCGACGACCGACGTCTTCCGCGGACATCCGTCGGCGGCCCGAGCAGTGGCCTGTCTTTACAACAATCACTCGCAGCCACTGTGATAGCGAGCGGGACTGCTACGATGGAATGGCGACAATAATACTCCGCCTCAACCCGTTATTTACATCTGAAAGGGGCAGCGTTCCTGAATGCCATTAGCCAGTCGCTCAAGAACCGGTCGGAGCTATGCCGTCTGCGATGACCCGGCCTCTGTTGTCTTGCCAACCGTCGGCTTTTTTCTATCCAGCAGGGTAAATCGAAGAGGCTTGTCTGGTTGGTTTAGAAACTTTGTCTGCATGCCGATGTCCTCGTAGTGGTACTCCAGGTGAAATGACTGCAGAATGTTAATCAAACTGAGATATATTTCTTGTTCTGCGAAGCGTTTTCCAAGGCACATCCTTCCTCCGTAACCGAACGGCAT 1 2 3' arm Alvinella_pompejana mirnest 100 cte-mir-981 0.0000009 -31.1 (((..(((((..((((((((((((((((((.(((............))))))))))))).))))))))..)))))))). (-31.1)