mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGGGAGAGTTGGGCAAGAAT TCTTACCAACCCCTCCCATACC GCAGTAAGAGAAAGGGAGAGAGTGGTGTTGGGAGTTGGAGGTGTGGGAGAGTTGGGCAAGAATTATGACCTTTGTTCAATCCAAAGGGGCAATTCTTACCAACCCCTCCCATACCCTTGATTTCCAACCGTTGCTCCCCTTCCCTGCCTTGGA ACGTGAGAGAGGGAGAGAGGGGTAGAGTGTTGATGATATTGGAGGCTCTTCGAGATGTAGATCGGAACACTCCTTTTTATGATCCCTTCTCTTCGTTTGCCCATTTCAGCTTCCTCCATCTATCTCTTGTTTCTCTCATCTATGAAATTTTCAAGCAGTAAGAGAAAGGGAGAGAGTGGTGTTGGGAGTTGGAGGTGTGGGAGAGTTGGGCAAGAATTATGACCTTTGTTCAATCCAAAGGGGCAATTCTTACCAACCCCTCCCATACCCTTGATTTCCAACCGTTGCTCCCCTTCCCTGCCTTGGATCCATTCCCTTTTGTTTGCTTCTTTTAAGAGAACAGCAACTGAGAGCTGCAGCTTTCATGATTTGTAGAAGCTTGTCATATTTCATATGTTTGTTGACAAATTCAAAACGCCAGGAGCCCTGGACTGGAGATGAAATCTGTAAAAATCTCGTGGAGGAAAACGAATCACGAAGTGTCCATTTGTGCCGAGGAAGAGGCCTCTTACATGTTATATTATTCTGACATGGTATTATCAGAGTTTGTGTCTAGCCTGTTTCGA 2 2 5' arm Gossypium_hirsutum mirnest 100 ghr-MIR2948 1e-81 -58.5 .......(((..((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.(((((..((((((..((.((((((.......))))))..)))))))).)))))..)))))))))).))))))))))))...)))))...))))))..)))... (-58.5)