mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTACATACACACATACGCT GTGTATGTGTGTGTTTGAAGTA AAACATAAGCTATTTACATACACACATACGCTGACAGACATCATGTGTATGTGTGTGTTTGAAGTATGCATAGT TTTTTTTACCAGATGTCGCTGTTTTGTTTATTTGTAAGGTATGAATGTCCTAGTAGTACGTCATAGTAATATACACATTATATGCTCACAAGAGTATAGGTTTTAAAAAAGCAGTGGATTTTAAATCATTAAGCAGATATTATGAAGTGTGCAGTGGATGTCCTGTGGACAGCACACTTCAAACATAAGCTATTTACATACACACATACGCTGACAGACATCATGTGTATGTGTGTGTTTGAAGTATGCATAGTGGACATCTGCACACAGAATGCAGTCCTACATATAATAGCATTGTTTGGCTATTATTGTGTGAAATAAACAACCACACGAAATGAACTGCTTAGTGTAGCAGTTGGCAGAAATAAAAAATGCATACAAAAAAAAAAACAGAATAACTAAGTTACCTACAGTCTTACACAATGTAGGTTGCAAGCACACTGGATGCTTGCCATATACAACGAAACCACAACCCAGCTTAAACACACCGTCTGAACAAAAACAACGTCAACAGAAGTTATATAAATAAACTCGGCTTGGGAAACGCCAAACTTGTCATTCTGGAGTGAATGAACCCAAATGTTAGTAGTAATGTGCTTCTGTGAGGTGTGGATTATGTAAAATCTACACTCGTTCCGTGCAATATTCTGTGTAGGGCTAAAGCTGGGTGCAGTGAGCAATTCCAATAACAACCAGCAACCGAATATGGGCCTCAGCATTAAGAAGACATTGTTTTAATGTTCTTCATGTCTTTAAAGCATCGGTGATGAATGGTACAAAACTCACATCTCA 2 1 5' arm Alvinella_pompejana mirnest 100 100 -24.5 ........((..((((.(((((((((((((((((......))).)))))))))))))).))))....))..... (-24.5)