mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGCTGCTGCTGATGCAAAT TTGATTTGGTAGCATAGCATACA TCTGTTGGTGATGGATTAAAGAATGCTGCTGCTGATGCAAATGAGAAGGATCTCTTTGATTTGGTAGCATAGCATACATTTGATTCGATGTAGAAT GATTTGGTTGTTGTTGGTATTGATGATTTGTATTCTGATTTGTTGCCTGACTAAAATATTGATGTTTCATAGTAGATTGGCCTCGGTTATCAGGTGGAGATGCTGATGTCTGTTGGTGATGGATTAAAGAATGCTGCTGCTGATGCAAATGAGAAGGATCTCTTTGATTTGGTAGCATAGCATACATTTGATTCGATGTAGAATTGCTATTCCCACTATCTTTCATATTAGTAGCTAAACGAGATGGTATTGGGATAAGATTATGCAACAGTAGACTTTTACTGCCTGATGTACCGATAGGAGTGGAATAACATCGAGTCGGTTGCGGATATATAATCTGAGCATGACTATAATGATGATGGTGCAAATGATTAGAACATGTGGAAATAGTAGCATTAGTGGTAGATGATGGTTTAGATGTGCTGTTATTTGACATTTGCATGATAGTATTATTATTTACTTGATAAGATGATCCTATAGACGATGATACATTAGAATTGTTGTAATGT 4 2 5' arm Schistosoma_mansoni mirnest 100 100 -26.3 ...........(((((((((..(((((((((((((..((((.((((....))))))))..)))))))))..))))...)))))))))......... (-26.3)