mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGGAATCCAGGACGCGCGT GCGTATCCTGGATTCCACTGT ATCCAGCCAACGACTCCCAAATAGGATGAAACGCGTATCCTGGATTCCACTGTTAGCCACTATCTATCTTTGCTTACAGTGGAATCCAGGACGCGCGTTTCGTCCTATTTGGGACTCGTGAATTAAG CCCGGGATCGCAATGGTGTTTGAAGCGAACGCTACTGGGTTCGAGTCCCAGAGTGAACATCAACTCTGTGGTGGAGGTTCATCCAGCCAACGACTCCCAAATAGGATGAAACGCGTATCCTGGATTCCACTGTTAGCCACTATCTATCTTTGCTTACAGTGGAATCCAGGACGCGCGTTTCGTCCTATTTGGGACTCGTGAATTAAGTCCGAAACACATCGATGGGAAGATCCAAACAAACAATACCAAGTGAATTATCCAACGATGTTTTAAATCTGGTGTTACACTTTACAACTCGCGCGGAAGCTATTCGTCAGGCACAGAAATCTCTATGGGAAGACGATATACATGTCA 1 0 3' arm Schistosoma_mansoni mirnest Hammerhead_1 0.0000000000001 100 -74.1 .........((((.((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.(((..............))).)))))))))))))))).)))))))))))))))))))))).))))........ (-74.1)