mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGTGGTAGAGCATTCGACTG GTTGAAGGTGTTGTGGTATGGTG TGTAGTGTTTGTAGTTGAAGGTGTTGTGGTATGGTGTGGTGTTGGAGATGTGAACTTGTGACAGTGGCGAAATCGGGGGTATAGCTCAGTGGTAGAGCATTCGACTGCAGATCGAGA CACTATAGGGCGAATTGGGTACTGGGCCCCCCCTCGAGGAATCACATGCCTCTAACACCGACTACCAGATGTTTGTGTTTAGTCGGGTTTGATGAGAGCACTCCGTTTGTCTGGAGAGTGTATGATTGTTGTTGTTGTTGATGATGATGATGGTGTTGTTGTAGAATAGGTGTTTGGTGTTTGGTTTGTTTGTGGTAGATTGTTTGCATGTCCATGTCCATGCGAAGCATGCATATGAGTGTTTGTGTGTGGATGTTTGTTTGGATTGTAGTGATGGTGGTGTTTTTGCGTTGATTGTAGTGTTTGTAGTTGAAGGTGTTGTGGTATGGTGTGGTGTTGGAGATGTGAACTTGTGACAGTGGCGAAATCGGGGGTATAGCTCAGTGGTAGAGCATTCGACTGCAGATCGAGAGGTCCCCGGTTCAAACCCGGGTGCCCCCTTCACTTTTCCACAATCAACCACATACTAACACACA 4 2 3' arm Schistosoma_mansoni mirnest tRNA 1e-16 100 -22.1 ......((((((((((((..(((((.((.(((...((.(((.....(((.((.(((......)))..))..))).....))).))...))).)).)))))))))))))))))..... (-22.1)