mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCCGTGCTGAGATTTCGTCA ACGCAGGTCAGTCCCGGAGTA GAGCTTTCTGAATCCGTGCTGAGATTTCGTCAGACACCAACCTATTAGGGCTGATCAGACTTCCAAGATAAGTGAAGTTGTCGACGCGTTCGACTACTTTACTCCCTATCCTTAGTTCAGGTGTTGACGCAGGTCAGTCCCGGAGTAACAATTTA GACGCATAGGTGACTTAAGTTGGCAAAAGCCAAACGAGCTTTCTGAATCCGTGCTGAGATTTCGTCAGACACCAACCTATTAGGGCTGATCAGACTTCCAAGATAAGTGAAGTTGTCGACGCGTTCGACTACTTTACTCCCTATCCTTAGTTCAGGTGTTGACGCAGGTCAGTCCCGGAGTAACAATTTACATTTAGAGGGGGAGAAACGCATTCCAAACATCCTGGCATTGTTACTCAGTGCTAACAGAAGATTCTGCATTCTGTCAGCGTCTTCACCAAACAGGACTATGTCATCTGTGTATTGTAAGTCGATAAGTGGACCTCCTGAAAATTCAGTCGACGAGAGTGTTATTTCCAGCAGTTGGTCTATGATGAAGTTGAACAATCTACGTGCAAACTCCCACCTATTGTCTAACAGGTAAGTGATTAATACT 4 2 5' arm Schistosoma_mansoni mirnest Hammerhead_1 0.00000004 sja-mir-3499 0.0000005 -40.4 ........((..((((.(((((..((.(((((.(((((...(((.(((((...(((..........))).((((((((.(((((.....))))).)))))))))))))....)))....)))))))))).)).)))))..)))).))........ (-40.4)