mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGAATGGTTTAGTGAGGTC CCTAATTTGACTATTTAGAGG CGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGGTCGTTGGATTGGCGTCGTTGTAGTGGCTTTGCCGCTCGACTGATGCTGAGAAGATGACCTAATTTGACTATTTAGAGGAAGTAAAA GCACGAGGCCACACGTGCGCTACAATGACGGTGCCAGCGAGTCTGGAAACCTGGCCCGAAAGGGTTGGGCAAACTGTTTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTATTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTGCAAGTCATAAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGGTCGTTGGATTGGCGTCGTTGTAGTGGCTTTGCCGCTCGACTGATGCTGAGAAGATGACCTAATTTGACTATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAACATGAACCCAAAATATATAATGACGCATGCACCTGGCTTCGCGCTGGACTGCATGTACCCTGGCTTAGTGGAAATTCACCCTAGGCTTCAGTGGTTATTATTCTCTTGACCGGGGTACCTAGCCTGTCGTATGCCCTGATGGTGTTCTCGTGACTTTCGGGTTGCCTGATCTGCCAAGGGCGATGGGACAGTGCATGACAATATTGTTGTGTGCTAGGTTCAAAGAGAATTGTTTGCTATATTGCATGCAAGTTCCCCCTGTTATTGTTCCTATTTC 3 0 5' arm Schistosoma_mansoni mirnest SSU_rRNA_eukarya 3e-60 100 -46.9 ...((((.((..((((((((((.(((.((((((((...((((((((((((.((((((...)))))))))).))))))))...)))))))).))).)))))))))).)).))))... (-46.9)