mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGTTTCTCTTGTTCTGCTT GCAAGATAGGAAAACAATTAAAC TTTTTTTGATAAGCAAGATAGGAAAACAATTAAACTCATACTTCAATTCAATGGATGATACACTACCACGACATGCGAATCCATCTAGAACAAAAAATACAGATACATGTGTGGTTGTTTCAAAAAAGTGAAGCTGCAAGCTCCTTAACTTCCGCCACAACTTGATCGTAGTCAGACTTTAGTTTCTCTTGTTCTGCTTGCTCTAATT TTTTTTTTTTTTTTTTTGATAAGCAAGATAGGAAAACAATTAAACTCATACTTCAATTCAATGGATGATACACTACCACGACATGCGAATCCATCTAGAACAAAAAATACAGATACATGTGTGGTTGTTTCAAAAAAGTGAAGCTGCAAGCTCCTTAACTTCCGCCACAACTTGATCGTAGTCAGACTTTAGTTTCTCTTGTTCTGCTTGCTCTAATTCACCCTTTGCAGGTTTAGTCTGCACCAAAACACAGCAAGTAGGCCTCTTTGTTGCTCCTGCACCAGCAAGGGCTTCTTTAGAATTGACATAAATGTATGGAATGTCAGACTCTTCACAGAGAACGGGAACATGGGTGATAACATCAATCGGTGAAATGTTGCCAGCGATAACACAAAATCCTTTATGACCTCTCCGAATGCTTTTAACGACCTCCTTGACTCCTCTCTTTAAGCATTTGTGTTCGGCGGCTCTGCGAACAAGTTTTAGGGTACGCTTGCAAAGCTTCTTGCCGGCAAGGGGTTTAGCGATGGGAGCTAAAGACTGTGTCTTCTTCTTCTCTTTCACCGCCGATCTCTCTGCCTCGCTGTCGCTACCCATCTCTCTCTCTCAGTCTTTCTCT 2 2 3' arm Vigna_unguiculata mirnest 100 100 -34.8 .........((((((.(((((((.((..((((((.((.(((.((((.....(((((((.(((..(((((.(((((...(((....................))).))))))))))))).)))....(((..((((...)))).....))))))).......))))..)))....)).)))))))).))))))).))))))........ (-34.8)