mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCTTTCTTCAGTCCACTCA CTTGGACTGAAGGGAGCTCCC GACCTTAACAAATGTAGGTAAGTGAGCTTTCTTCAGTCCACTCATAGGTGGCAGTAAGATTCAATTAGCTGCCGACTCATTCATCCAAATGCTGAGTAGTGATACTCTTAAAGATACTCATCAAATGAGTGAATGATGCGGGAGACAAATTGATTCTTAAGTTTCCTGTACTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTTTCCTTTCTATGTAAGAT TCTTGTTACAGTGCGTTGAGTTTGAGTTTCTTGCATTTGTTACAGTGTGTTGAGTGTTGTGGTCAGTTTTTGAGATCTGGGTTACTGCATGATTCTTTAGTAAGATGTTTTTCTTGCTTTGTGTTTTCCTTTTCAATTCCCAGCGGTAGTTGATATCAGATTCTTGTTTTATGTGGTTATGTCTAATACAAGGTTTTCACAGTTTGTATGTGGAGAGACATGCAGATCTGTGTGCTTGCGTTAATACTAAGCTAAGACCTTAACAAATGTAGGTAAGTGAGCTTTCTTCAGTCCACTCATAGGTGGCAGTAAGATTCAATTAGCTGCCGACTCATTCATCCAAATGCTGAGTAGTGATACTCTTAAAGATACTCATCAAATGAGTGAATGATGCGGGAGACAAATTGATTCTTAAGTTTCCTGTACTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTTTCCTTTCTATGTAAGATCCAATTCCTCTTTACTCTATCTGTAATATCCTTCACTTATCTAAGCTTCTAATCTTTTGGAGATGATAAGAAAAGGCTTGTTGTCCTAATATTGATTTACTACTGCACTGTTAAAAGAAA 3 0 5' arm Vigna_unguiculata mirnest MIR159 2e-44 gma-MIR319a 9e-62 -71 ...((((....(((.(((.(((.(((((((((((((((((...(((((.(((..(((((.((((((..((.(((..((((((((.((..((.((((((.(((.....)))....)))))).))..)).))))))))..))).))...)))))).))))).))).)))))...))))))))))))))))).)))..)))...))).)))).. (-71)