mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAATTGCCCTG GTGTGATTCTCCCTTGGCAGG CTTCAATTTCAGAGGTAGAGAAGAATAACAGTGTGATTCTCCCTTGGCAGGTGCTACATCTATTCTTCATCAGAATGGCCTTTCTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTCTACAGTCCTACCATCTTGCCA GGACAGCAAGCAGAAGGGGTACCAGGTATGCTTCAATTTCAGAGGTAGAGAAGAATAACAGTGTGATTCTCCCTTGGCAGGTGCTACATCTATTCTTCATCAGAATGGCCTTTCTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTCTACAGTCCTACCATCTTGCCAATTACATTTCACAGTTTATCATGAGTGCAAGTGTATATATATCTATATATATGCTAAAGCCTATTTATATAGGATATTTTTTGTCAACAGAATTTAGTGCAGAAACAAAGCATAAGCGATGGTGCACTTATTGTATTGTATTTGTTACCCTCACTGATTTGATCAGGAAAATCTACTGATGTATATGCATTTTAGCTATTTTGGTGGCTGAAAATCAGTATGACATCTTGTGTAATTAAATGATATTCATATGAGAATTCTCCAACTGCAGGATACACCATTTTATTCCTTTGAGTTTAACATATTTTCTTATCCATTGTGAATGAATGTCTTCACGTTTCCTTGTCTCTGTATGCAGAGC 2 0 3' arm Vigna_unguiculata mirnest mir-399 0.0000001 sbi-MIR399h 0.000000007 -41.8 ..........((((((((.(((((((..(((.((((((((((.((((((((........(((((((.....)))))))....)))))))).)))))))))).)))..)))))....))))))).)))..... (-41.8)