mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCA GAGGCAGCGGTTCATCGATC TGGAGATGAGGTGAAGTCACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGAATTTGGCTGTGGAAGAACACAAAGCAAGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCACTTTGCCTCTCT TATTTATTGCTTAGTTTCTTATATTTCGTATTTTTCGCCCGTGTATGTGTCTGGATTGTGATGGAAGGGAAATTGCCTCTTCCTTTCTCTTTATGTTCAGATCTATGTTTTACACATCACGGATCCTATTTGCTGTTTTTAGCTACCGTCTTTATGCGTTCAATTTCTCAACCGAATAAATGAAAAAAAAAATGAAAACGAAAAACCACGAAGTCGTGTTTGTTTGTTGCTTTGATTTTTGTTGGCGGATATTATTTGTTTTTGATGCCTATGGAGATGAGGTGAAGTCACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGAATTTGGCTGTGGAAGAACACAAAGCAAGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCACTTTGCCTCTCTTTACCGACAATTTCATTTTCTCTTTCTTCTTTTCAATAATAATACTCTTTATATGCTTCCTCCTTTTTCATGCCGCAAGATTAGTTGACGAATTCTCTGCATCAACATTTCTTTCAAAGTGTTTTTGTTTCTTCCAAGAGAGTAATTAAATCTAGATGCTCCTGGTGTGATTTGAAATAATCTTTTATTGGTTCATTTCGTGTTTTTCCTAGAGAATGCCTATGGAGTTGTTGTAGATGCCAACCAATGTTCTGATTTGTGATTTTGCTAT 3 0 3' arm Vigna_unguiculata mirnest MIR162_2 8e-18 vvi-MIR162 1e-22 -45.1 ...(((.((((((((((..(((((.((((.((((.(((((((..(((.((..((((...((......)).)))).)).)))..))))))).)))).)))).))))).....))))))))))))) (-45.1)