mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATTCTTCTTCTTCTTGCACT TGAAGGAGAAGAAGAAAAAA GGGAGTGAAGGAGAAGAAGAAAAAAAAGAGGAGGTTTTTAAAGTGTTTGTCTACCATTGCCGACTTCAATTTCTCTCTTCTTTCACTCTTTTCTGCACAGCATAATTCAGAGTGCAGAGTTTGTGAGAGAGATGAATTGCGGTGGCGTTGTGGTGAGGTTTGGTTTGTGGGTGGTGGCGCTGTCCATTGCCGGCTACATAGTGGGTCCCCCTCTCTACTGGCACCTCATCGAACTCATCAACCATTCTTCTTCTTCTTGCACTCCCTGCGTC GGGAGTGAAGGAGAAGAAGAAAAAAAAGAGGAGGTTTTTAAAGTGTTTGTCTACCATTGCCGACTTCAATTTCTCTCTTCTTTCACTCTTTTCTGCACAGCATAATTCAGAGTGCAGAGTTTGTGAGAGAGATGAATTGCGGTGGCGTTGTGGTGAGGTTTGGTTTGTGGGTGGTGGCGCTGTCCATTGCCGGCTACATAGTGGGTCCCCCTCTCTACTGGCACCTCATCGAACTCATCAACCATTCTTCTTCTTCTTGCACTCCCTGCGTCTGTGATTGCTCTTCCCAACCCATCATTTCCATTCCCCAAGGGCTTAGCAACTCTTCGTTTGAAGATTGTGCAAAGCACGATCCAAAGGTGGATGGAGACACCGAAAACAATGTTGCAGAGCTACTGTCAGAAGAACTAAATCTCCGGGAAACTGAAGCTTTGAAAAATCAGCATCGTGCTGACATGGCTCTGCTGGAATCTAAGAAGATTGCATCTCAGTATCAAAAAGAAGCAGACAAGTGTAATTCAGGAATGGAGACATGTGAGGAAGCCAGGGAAAAGTCTGAGATGGCCTTAGTGGCTCAGAAGAAGCTCTCTGCACTATGGGAACTCAGGGCTCGTCATAAAGGATGGAAAGAAAGTCTTGCCAAATCTAATTCTCACTCTAAAGGGAA 2 1 3' arm Vigna_unguiculata mirnest 100 100 -91.5 (((((((((((((((((((((......(((..(((...((((...))))...)))..((((.(((.((((((.((((((...((((....((((((((.............))))))))...)))))))))).)))))).)))))))...(((((((((.((((..(((((((((...))))))))).))))((((..(((.(((...)))...))).)))))))))))))..)))........)))))))))))))).)))))))...... (-91.5)