mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCATCGTCATCATCATCATCA ATGCGGGTGGTGGCGGTGGGG AATCACAAAATAATCATCATAATCATGAATACCATCGTCATCATCATCATCATCAACAGCCAACCCTCCCAGATATCGAATCAACAAACACATCAACGACGAACAAAGCTAGAGAAAACACATAAAACCCGGAAAAGAGAAAGAGAAAAAGAAAACGCTACTCAACAAGACCAGAGGATAAAATAAATGAAATAGATCCCGTCCGTCCGTCGGTGAAAAACAAGATCAAGGGCCGAAGAGCCTCCACGTGGACGAATCCCGACCGTCAGGTCTGTTTTCAAGCCAAGAGCATGGCGACCAAGGTTCCCGCGATAGCAGAGCCAGCAACGAAGGACTTGGAAACGGAGAATGCGGCGTTGGGTGGTGGGGGTGAATCGCTGCCACCTGAGGGTGGAGATGCGGGGGCGTCGCTGGATGGTGGTGCTGGTGGAGAGTCAGAAGGATTAGAAGACGGACCGGGAGCTCCAGCAGGTGGAGTAGTAGAAGCTGGGGCAGGAGCGGGGACAGGTGCTGGTGGTGGAGTTGCTGGTGTGGGTGCGGGTGTAGGTGTTGCTGCAGATGGTGGTGGAGTTGCTGGTGTGGTGGGTGTAGGAGCCGGTGCCGATGCGGGTGGTGGCGGTGGGGTGGTTGTGGGAGGCTGTGTAGGTGCACC TTTTTTTTTTTTTTTTTGAATCACAAAATAATCATCATAATCATGAATACCATCGTCATCATCATCATCATCAACAGCCAACCCTCCCAGATATCGAATCAACAAACACATCAACGACGAACAAAGCTAGAGAAAACACATAAAACCCGGAAAAGAGAAAGAGAAAAAGAAAACGCTACTCAACAAGACCAGAGGATAAAATAAATGAAATAGATCCCGTCCGTCCGTCGGTGAAAAACAAGATCAAGGGCCGAAGAGCCTCCACGTGGACGAATCCCGACCGTCAGGTCTGTTTTCAAGCCAAGAGCATGGCGACCAAGGTTCCCGCGATAGCAGAGCCAGCAACGAAGGACTTGGAAACGGAGAATGCGGCGTTGGGTGGTGGGGGTGAATCGCTGCCACCTGAGGGTGGAGATGCGGGGGCGTCGCTGGATGGTGGTGCTGGTGGAGAGTCAGAAGGATTAGAAGACGGACCGGGAGCTCCAGCAGGTGGAGTAGTAGAAGCTGGGGCAGGAGCGGGGACAGGTGCTGGTGGTGGAGTTGCTGGTGTGGGTGCGGGTGTAGGTGTTGCTGCAGATGGTGGTGGAGTTGCTGGTGTGGTGGGTGTAGGAGCCGGTGCCGATGCGGGTGGTGGCGGTGGGGTGGTTGTGGGAGGCTGTGTAGGTGCACCACCTGGCGCTTGTGCTATGCATGAAGTAGCCAGAAGCCCCAACACGAGAAACAGTTGTACTGCA 3 0 5' arm Vigna_unguiculata mirnest 100 100 -178.8 .............((.((((((((((.....((((((((((((((..((((....((..((.((...(((((((.....)))......(((((((.((((...((..((((.((..(((((.((..(((((...........................((((((.....(((((.((((................))))..((.(((((((.((.....))..)))...)))).))((..((.((((.(((.((..(((((.((.((.(((((((((((...(((..(((((((((((....(((((((((...((...(((.(((.........(((....)))....)))))).(((((((((((((.....)).)))))))))))..)).....)))))))))))))))........)))))..)))..((((.....)))).)))))))))))..))((((((((................)))))))).))..))))).....))))))))).))..)).))))).))))))))))).)).))))).)).....))))..))..)))).))))))).)))).)).)).....))...))))..)))))))))))))).))))))))))))....((((....)))). (-178.8)