mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTATTGTGTTGTGTTTGTTAT GATTAATCACAAGTACAGTTTAT GAAAGAGAAGATGATTAATCACAAGTACAGTTTATGTAGTATTTGACAATGTATTGTGTTGTGTTTGTTATCTGATAGAG GTAGGTGTAGCTGGTGTATTCGGCGGCTCCCTATTCAGTGCTATGCATGGTTCCTTGGTAACTTCTAGTTTGATCAGGGAAACCACAGAAAATGAATCCGCTAATGAAGGTTACAGATTTGGTCAAGAGGAAGAAGTGATGAGCAAACATTAAATCTTAAAGCTTGGAAAACCCTCTCTTCCCTGTCCCTAAGAATTGGGAGAGAGTAATTTGGTCTATAGCAACTCAATTCAACCCATCAATCCCACACCATGCAGGCCAGTGATAGGTTTAACATCAACTCTCAGCTCGAGCATCTCCAAGCCAAATATGTTGGAACTGGTCATGCCGATATGAACAGATTTGAGTGGGCAGTGAACATTCAGCGTGATAGCTATGCGTCATACATTGGCCACTACCCTTTACTGGCATACTTTTCTATTGCTGAAAATGAATCTATTGGAAGGGAACGCTATAGTTTTATGCAGAAAATGCTCCTGCCTTGTGGATTACCTCCCGAAAGAGAAGATGATTAATCACAAGTACAGTTTATGTAGTATTTGACAATGTATTGTGTTGTGTTTGTTATCTGATAGAGTAAACAGATGGTTGTCCTTGATTACGTATTGTAGTGATATTTCTTTAGCTTGTGGATGCTTAAGTAGTTGTTATGGAGCTTGAAAATTTTTCAAAATATGTTTAGTTTATTGTTCAATCATAATTTTGTCTGTGTTTCTTAAATGGTGCCCTTTAGATTGAACGAACCTTGTATTCGCAACGGATTTTATGTAGTAATTATTTCCTTCGGAAATTTTAATAATGACTTCCTTTTTTGAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 2 3' arm Vigna_unguiculata mirnest 100 100 -15.6 ........(((((((.((.(((((.((((((.(((...((.....)).))).))))))))))))).)))))))....... (-15.6)