mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTATATATCAACCATATTTC TATATTCGATTGATACGTAGTTG CGATGATTACGTCGTTTCAACGTTGATCTAACGTCTTGTCGACTATATATCAACCATATTTCAACTTTGAATAGGTGATATATTCGATTGATACGTAGTTGATAGGACGTTAGAACAACGTTGAAACAACGTAAATTCA CCCACGCGTCCGCAACGTCGCAAACCGACCATTTACCACGTTGAAACAACGTTGAAATTTGGTTGAATTGGAAATAAAATCCGACGTCGAAAACTACGACGTTGAAACAACGTCGATGATTACGTCGTTTCAACGTTGATCTAACGTCTTGTCGACTATATATCAACCATATTTCAACTTTGAATAGGTGATATATTCGATTGATACGTAGTTGATAGGACGTTAGAACAACGTTGAAACAACGTAAATTCAACGTTGATTTTTGTTTTTTATTTTGGTTAAATCCAATTAACTAAAAAATTATCTCAACTTTAATTGCAATAAAATAATACAATAAAAAAGCAACAATTTGCGCAGAGGATATTATATTTCACGTAAATTAATCAGATACAACTAAATTGCATCAACGGACTTTATATACAATGCAAATAAAGTAAAATGTTTGAAAAAAAAAAAGTTTTATTTATCAGTAATATATTTATCAATTTATCAATAATAACTATTATCAATAGTTCCAGAACAACTAGAAAAAAGTATGAATATTATACATCGGGTGAATCGCCTTTTACGCGCCGACCACCACCATTTGATCTGTCGAGTGCGTATTTTAATAAAGTCATTATTCCTTTTCTTATTTCGGCAACTGTAGCAGTCACTTTAATTGACAAAACGCTCTCTATGAAAAAGGTATT 4 2 5' arm Hydra_vulgaris mirnest 100 100 -60.1 .((...((((((.((((((((((((.((((((((((((((((((((.((((((..((((.(((.(((.....)))))).))))....)))))).)))))))))))))))))))).)))))))))))).))))))..)). (-60.1)