mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGAATGGTTTAGTGAGATC TGCTCAAACTTGATCATTTAGAGG CGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGATCTCCGGATCGGCGTCAGCGCGACTTCACGGTTGTTGCTGAAGGCCGAGAAGTTGCTCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAA CCCACGCGTCCGCGGACGCGTGGGCGGACGCGTGGGGCCCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCGGCTAAATAGTCACACGGTTCCCGAACCGTGACTGACTTCTTAGAGGGACTGTTGGTGTTTAACCAAAGTCAGGAAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGTCGAATGCAGCGAGTCTTATCCTTAACCGAAAGGTTCGGGTAATCTTATGAAAGTTCGACGTGATGGGGATTGATCATTGCAATTATTGATCATGAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGATCTCCGGATCGGCGTCAGCGCGACTTCACGGTTGTTGCTGAAGGCCGAGAAGTTGCTCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTACCGATGGTTTGACACACAGTCGTGTTAATACGTTTTGCTCACTGTGAACTGTTTCGAAGCGCGTTTGAACGAAAGTTCGCGCTTGCAAAAGGGGTCAACGAGAGCTGACTGTCAGTAGCCCGTTTTAAAAGCAAGCTTGTCTGTGGGACATCGCTTGTCTGCACGCACAGCGCTGCCCCTTTTGATTGCCGTATTTCGTTCGGCGTGCGTCCTGTTGGGTTGTTGTCACTTAACAAACGCTTGTTGGTTTATTTGTTGGCTCAACTTTTTTCTTCTCTGAACAAGAGGAGGAAAAGACGGTTACAAAAATAAAAAATGAATGTCAGTGACAACTTTTAACGGTGGATCTCTAGGCTCGTGCAT 4 2 5' arm Hydra_vulgaris mirnest SSU_rRNA_eukarya 1e-59 100 -37.8 ...((((.((..((((((((((.((((((..((.....(((((.(((((((((((....))))).))))))..)))))..))...)))..))).)))))))))).)).))))... (-37.8)