mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTGTTTTTTGTTTTG AAATATGGAAAAGAAACATTAA AAGTATAGATGTAAAATATGGAAAAGAAACATTAAACTCACTGATTGCCAAAATTTGTAAGCTTTTTAATTATATGTAAAATGTCACTTGATGATTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTGATTATTAGAT CCCACGCGTCCGGTTAAAATATTTGATAAAAAAGCGATAAGTTTATATACTGCAGATATTTTAAATAAATGTTTTTTCTCCTTAACTTTCAAATTATGGATTCATTAGACTGGATCGATCTGCAAATGTAAGTTTAATAAAATGTTTCAAAGTACTTTTTGTTTTATGCTGTTTGTTTTTGGTTTGGCGCTGTCAATATTTCAGTTTTAGCTCTATGTGTCTTTGGCGTGGCTCTTGGTTTTACCTCAAGCGAAGGTAACAGATACAAATTCGCATCTGTTGATTTAAATTTTTAATCCTATTGAGGTGTGATGTTTCTTTGCTTTAAAAGTTTCAATTTTAGCTATAAAGTATAAGATAAAGACTAGCTATAGCTATAAAGTATAGATGTAAAATATGGAAAAGAAACATTAAACTCACTGATTGCCAAAATTTGTAAGCTTTTTAATTATATGTAAAATGTCACTTGATGATTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTGATTATTAGATGTTTTTTTTTT 4 1 3' arm Hydra_vulgaris mirnest 100 100 -17 ....((((...(((((((.((((..((((((..(((.(((.(((.((.((.....(((((.........))))).......)).)).))).))).)))..)))))).)))).))))))).))))..... (-17)