mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAACTGGGTTTGTTGGCTGC AGCCAACAACATCAGTTCTAA GTATCTTGATTTGAACTGGGTTTGTTGGCTGCTGATCTGCTTTTTTGAAGCAGATATCAAATCTAGTTAATAAAACACTTTTCAGGAGCCAACAACATCAGTTCTAACCAGGACT TCTCACCACGACTCCGATCAAATAAGAGTTTATATAGGGGAAGGATGTAGATGGTGGATGGTGGTTGACTCGATGAATCACCCCCAAGACCTGCAATTCATGATGCAGTTCAGTATTCCAGTATCTTGATTTGAACTGGGTTTGTTGGCTGCTGATCTGCTTTTTTGAAGCAGATATCAAATCTAGTTAATAAAACACTTTTCAGGAGCCAACAACATCAGTTCTAACCAGGACTGGGCTGAGATTTACAAGCCCCTTCCTGACTCTGTTCAACTGATATATATATATTTAAGGAGGTAGTATGTGTTAATAATAATTCAGAGGACATGGGAGAAAATACCGGTTCCAGTGCCTTGCTTTGACCTAGATTTGTTGACTTGTTAACAAAACCGAATTCATAAAAATGCATTTCAAGTCAATGAATTCAGTCAACACAAGACAAGATCGTGCTGAGATTTACAGGTCCCTACTCAAATATTTTAGGAGATATTTACCTGTTACTTATATTTCAGAATATTTAGGAAATATTCACCTGTAACTTATAATTGGTGGAGTATCTTCTTTTTCTTTGAATTTGGTTTTCAACTCATCCGTTGCTTTTCTCAATCTGCTTGGATATTATCAAATTCGTTTACTG 4 0 5' arm Gossypium_hirsutum mirnest 100 ghr-MIR3476 3e-60 -38.3 ...(((((.((.(((((((..(((((((((.((((((((((((...))))))))...........................)))).)))))))))..))))))).)).))))).. (-38.3)