mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTTTTTTGTTTTGTTTTT GAAAAGAAACATTAAACTCACT TAAAGTATAGATGTAAAATATGGAAAAGAAACATTAAACTCACTGATTGCCAAAATTTGTAAGCTTTTTAATTATATGTAAAATGTCACTTGATGATTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTGATTATTAGATGT CCCACGCGTCCGGTTAAAATATTTGATAAAAAAGCGATAAGTTTATATACTGCAGATATTTTAAATAAATGTTTTTTCTCCTTAACTTTCAAATTATGGATTCATTAGACTGGATCGATCTGCAAATGTAAGTTTAATAAAATGTTTCAAAGTACTTTTTGTTTTATGCTGTTTGTTTTTGGTTTGGCGCTGTCAATATTTCAGTTTTAGCTCTATGTGTCTTTGGCGTGGCTCTTGGTTTTACCTCAAGCGAAGGTAACAGATACAAATTCGCATCTGTTGATTTAAATTTTTAATCCTATTGAGGTGTGATGTTTCTTTGCTTTAAAAGTTTCAATTTTAGCTATAAAGTATAAGATAAAGACTAGCTATAGCTATAAAGTATAGATGTAAAATATGGAAAAGAAACATTAAACTCACTGATTGCCAAAATTTGTAAGCTTTTTAATTATATGTAAAATGTCACTTGATGATTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTGATTATTAGATGTTTTTTTTTT 5 1 3' arm Hydra_vulgaris mirnest 100 100 -17 ......((((...(((((((.((((..((((((..(((.(((.(((.((.((.....(((((.........))))).......)).)).))).))).)))..)))))).)))).))))))).))))....... (-17)