mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGAGGCGCCCGAGGGGCTG GGGGTCCTTGGCCGCTTCCTGCT TATGGAGACACAGGGGTCCTTGGCCGCTTCCTGCTTCAAGCCCGAGGCGCCCGAGGGGCTGTGCATGTGG GAGATCAAAGCTGGGCTCACGAGAAAGCTGGGGGTGGGATGTGGGGCTGGCCCAGGGCTGGGGTTAGGGAGGCAAGGGATGGACATGGACTTCCTGGGCCGGGCTCTGTGACTGCACAGTAGACTCTGTCCTGGGACTTGGTGGTGCTACCCTTGGCCTCCCACAGTCCTGCCACCCTGCCGCCGCCACCATGCTGCCCCCTGGGACTGCGATCCTCTTGATTCTGCTTCTGACAGCTGGCTCGCTGGGCCAGAGGCCTCAGAGGCCACCCCGGCCCCCATCCGCCATCAGCACAATCCAGCCCAAGGCCAATTTTGATGCTCAGCAGTTTGCAGGGACCTGGCTCCTTGTGGCTGTGGGCTCTGCCTGCCGTTTCCTGCAGGAGCAGGGCCACCAGGCTGAGGCCACCACACTGCACGTGGCTCCCCAGGGCACAGCCATGGCTGTCAGCACCTTCCGAAAGCTGGATGGGATCTGCTGGCAGGTGCGCCAGCTGTATGGAGACACAGGGGTCCTTGGCCGCTTCCTGCTTCAAGCCCGAGGCGCCCGAGGGGCTGTGCATGTGGTTGTCGCTGAGACCGACTACCAGAATTTCGCTGTCCTGTACCTGGAGCGGGCGGGGCAGCTGTCAGTGAAGCTCTACGCCCGCTCACTCCCTGTGAGCGACTCGGTCCTGAGTGGGTTTGAGCAGCGGGTCCGGGAGGTCCCACCTGACTGAGGACCAGATCTTCTACTTCCCCAAGTATGGCCTTCTGCGAGGCTGCAGACCAGTTTCTACGTCTGATGAGGTGAGGCGGTGAGGCTTGGCGCGCCAGCTCCAGTGCCTGAAGAAGTTCAGTGCCCTGAGAAAGATGCCTCGCT 4 2 3' arm Macaca_fascicularis mirnest 100 100 -25.4 ........(((((...(((((((.((((((..(((...)))..)))))).))))))).)))))....... (-25.4)