mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCCCAGGAGGTTGAGGCTA GTCCCAGCTACTTGGGAGGCT CGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATTGTTCGAGCCCAGGAGGTTGAGGCTACACTGAGTG CGAATTCTTTTTTTTTAATTTGAAAATTAAAATAATGGAGCTAAAATTTAAACCATAATAAAAAGATGTCTGCACTTCTTAAAAGAATGTTACACTACATGAGTCTGTAAGAGAGGATCTTTTAATACCCATTATGAATTATTATTATATTAATTATAACTCATACCTACTCTATAAGAGAGTTTTCTACTCATCATACAGTATTTGTTGAACATTTTCTGCATAGTATTTTGTTTTTTTAAGTGGGACAGCACATCTTTGCATTTAGGTATGTAGACCTTTGTGTGTTGTTTTTAGAAAGGAAGTAGTACTGCTTCCCTGGGCCAGGTGCGAACTGAAGAGTAATATATTTAGAAAATTAGATTACAAGGCTAGGCACTGAGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGTCAGGATGGGTGGATTGCTTGAGTTCAGGAGTATGAGACCAGCCTGAGCAACATGGCAAAACCCTGTCTCTACAAAAACTACAAACATTAGTCTGGTGTGGTGGCGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATTGTTCGAGCCCAGGAGGTTGAGGCTACACTGAGTGGTAATTGTGCCACTGCATTCCAGCCTGGGTGATAGACGGA 5 0 3' arm Macaca_fascicularis mirnest Metazoa_SRP 8e-23 ppy-mir-1268 0.00000002 -23.5 ........(((((((.(((((.((((((.((.(((..........))).))...)))))).))))).)))))))....... (-23.5)