mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGGGCAACATAGCCAGACTT GAATGGCGTGAACCCGGGA TACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCTGAGATCCGGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACATAGCCAGACTTCGTCTCAAAAATAAAAAAA GATATCTCGAGCACTGTTGGCCTACTGGTTTGTACTTAGACATGCTTATCATTAAAAGCAAAATTCCTGTTTTACTATTTTCTCCTACAGTGGAGAACACAATGTGAAGGAGATAGAAATCTCTAGAATTACCTTTTCAAAATGACAGAATTTATTGTTTAAAAAAATGTTATTTTTTAAAACACTTCATTGGGTGGATACTGTTTAAATGCTGATTCATTGCCTACTATCAATTGCTGACATTACTTTTTTTGGTCATTTAAAAATTTGTTTTAATTAGCCGGGCGCGGTGGCTCAAGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGACGGGCGAATCACGAGTTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGCTTCTACTAAAAATACAAAAAAAAATTAGCCGGGCGAGGTGGCGGGCGCCTGTACTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCTGAGATCCGGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACATAGCCAGACTTCGTCTCAAAAATAAAAAAAATAAAAAATAAAATAATATTTTGTTTTAATTAATAAACCAAAATATTAAACAGTTTTATCTCTGTATAGTCAGTCTGGAAGGCAATTTTGTTTACTTTCTATGTCGTATTATGGATTTCTATGATGTTGCGAGAGTCCTCTAAAATGCCATTACTCACAATGATATTAAATATATTCATTTAAAATCGAATTTATTTTTATTAAATATTTTGAATACTGACGTAG 4 2 3' arm Macaca_fascicularis mirnest Metazoa_SRP 4.0E-41 ppy-mir-1273 1.0E-19 -45.4 ............((((((.((((..(((((((..((((((....((((..(((((((.((((.....)))))))))))))))..))))))...))).))))..))))))))))............ (-45.4)