mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTTTCTCTAGTTCTGCAC TTAGGACTAGGAAACAGAAA CTACAGTTTAATGGCATTTAGACATCTGATGTTGGTTTCTCTAGTTCTGCACTTATTCATTTATAGATTGGAAATTTGTATCTTTGTGTTTAGGACTAGGAAACAGAAAGGTGTTCAAAAGTTCCATTTGGCCTTGG TAATCCTAATGAAGGGAGTGTCAAAAGAAGGAATGAGAAAAAGAGAATGAGGCTGCGCCGTGCGTTTAAATTGGCAGAGGCAAAGAAGAGGAAAGCTCAATTGCAGGAAGCTAATAGGAAGGAGAAGATTAAGCAAGTAGAGCGTAAGATGGCTGCAGTGGCTAGGGATAGAGCATGGGCCGAAAGGCTGGTGGAACTGCAGGGGCTTGAGGAAGAGAAGAAAAAGGCCATGGCTTGAAATTTCGCTTGCTTATACGCTTTGTCTTCCAATGTTATGCTGATTTTGAGATGGTTTGTAAGAACTTAATTATGTTTCCATCCTAATGTTTGGTTACGCCAGCCGGTCTACAGTTTAATGGCATTTAGACATCTGATGTTGGTTTCTCTAGTTCTGCACTTATTCATTTATAGATTGGAAATTTGTATCTTTGTGTTTAGGACTAGGAAACAGAAAGGTGTTCAAAAGTTCCATTTGGCCTTGGCTGAGGACTTATTTTTAGCACAGTGAATCAAGATCTGAAATAATTTGAGATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 1 5' arm Gossypium_hirsutum mirnest 100 100 -32.8 .....(((.(((((.((((.(((((((....((.(((((.(((((((((.((.....((..((((((((...))))))))....)).)).)))))))))))))).)).)))))))...)))).))))).)))..... (-32.8)