mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTAAGATCATAGAATGAGAT AAATTCTATATCTTGATGG TGCCAGAAGTTTGTAAGATCATAGAATGAGATAAAAAATATAAATTCTATATCTTGATGGGTCTTGAT AGATGTGTTGAGCTAAGCTGGCTTGGACTGGNTGCAATGCCACGGTCTGATCTCAGCTCAATGTATTCTTCTCAGTGTTAAGTTGAAATGAATGATTCTGCTGCCTAAGCCTCCCAAGTTGTTGGGATTACAGGCACTTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTAAAATTTATACATGCTATGACAAACAGGGTTATATTATGGTGGCAATGCTGATCTTTAACTCCTGACCTCAAGGGATCCACAAGTGTTGGGCTTACAAATTACTCACATTACAGGAGTGAGCCAACACACCTGGGATTTAATTTTTTTCTATTGAACAGGTGCGTCATATTTTTTAACCTTACCAAGAAATAAAAACAATGATTTGGAATTGAAGGAAAAAATATACCTTTCAAGAACAAATATTTATATTTATGGTGACAAAAAACCATGTTAACAAGAACCTCAGAAGAGGACTATAACATTTTTATGAACAGTAGGGAAGAACTAGCGGAATTTACTTTTTACTAACCGTTTTGAGCAATATCACAATGTTTTTATACCATAAAAGTTACAGCTTGAAATGTTATTTATATAAATTTTATATAAGANCACTTCCATTATTAATATTTATTTCCCACCACAAATTACATTCAAAATTGCTATAAATGCCAGAAGTTTGTAAGATCATAGAATGAGATAAAAAATATAAATTCTATATCTTGATGGGTCTTGATAATTTGTAAGACCTCACCACAAAATTTATTTTAGTACATATTTTTGTGACACGAATACCACATAGGAAATATAAAAACAATACAACCCCTATCTCTAACATATTTTGAAACAATTTTTAATAAAAATTTGTATANTCCATATAATTCTTAAAATAATACTGGTATAATTTTAATATGTCAGATGAAATATCTCAAAACCTTCCTACCACCCACATTCAATCTCCTAACCACGCTTAAAAAC 4 2 5' arm Macaca_fascicularis mirnest 100 100 -11.7 ..(((........((((((.(((((((...(((.....)))..))))))))))))).)))........ (-11.7)