mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGGGTTGGGGGTGGGGGGGG CTCTCTGCCTCCCACCCATCT GGGTGGGTGCAGTCCCCCTCTCTGCCTCCCACCCATCTGAGGGACTGCCCTCCACCCCGGCCCAGCAGTCCGTCCGTCTGCGGAGGCCGTAAGGTCTCCCACCCCCTTGTGGATTGTGGGTTGGGGGTGGGGGGGGGGGGGGCACCCCCC TGCTGAGGCCTCCAACTAGGATTGTGAAACAAGGCTCGGAGACTCTGTGTCTGGTGAAGTTGGGGCCAGGGGGCTGGGGTGGGTGCAGTCCCCCTCTCTGCCTCCCACCCATCTGAGGGACTGCCCTCCACCCCGGCCCAGCAGTCCGTCCGTCTGCGGAGGCCGTAAGGTCTCCCACCCCCTTGTGGATTGTGGGTTGGGGGTGGGGGGGGGGGGGGCACCCCCCTT 1 0 3' arm Macaca_fascicularis mirnest 100 100 -83.1 (((.((((((..(((((((((((((((((.((((((..((.(((((((...((.....))....))))))).)).(((((((((((((....))))))).........)))))).)))))).)))))))))))))))))..))))))))) (-83.1)