mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGGGCAACAGAGTGAGACT TTTCACTCTTGTCACCCAGGCT AGGTTGGTTTTTGGTTTTTAAGACAGAGTTTCACTCTTGTCACCCAGGCTGGTTGCAGTGAGCCGAAATCCCGCCATGGCACTCTACCCTGGGCAACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA ATTCGGCAACAGAGTGAGACTCCATCTCAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATATGATCTCCCTTTGCCCATTCCTTTTCCTAAGAACAATACACATACAAAGAAGTTCCCTGTAGTCACCTCTATGGTATCTCCTTTCTTCATCCTCTGGGAACCACGGTCTTGAGTTGGATATTTACCCCTGGCCATGCATTTCTATAGACTTTTAGAGTTTATATGTGTATATATTCCTTAAAAATGTGTTTATGCTTTTAAAATTTTTCTAAATGGCATCAAACTATATGTGGTCTACTGCAACTTATATTTTGGCTCAGCATGGTGAAGTTCAGTGCTGTTAAACCGTGTAGTTATGGTTAATTTAGTTTGGTTGGCCGGGCGCGGTGGCTCAAGCCTGTAATCCCAAAGTGCTGGCATGACAGGTGTGAACCACCGTACCTGGCCCTGGTTAATTCGTTTTTTAAGGTTGGTTTTTGGTTTTTAAGACAGAGTTTCACTCTTGTCACCCAGGCTGGTTGCAGTGAGCCGAAATCCCGCCATGGCACTCTACCCTGGGCAACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 1 3' arm Macaca_fascicularis mirnest Metazoa_SRP 0.0000000000005 hsa-mir-1273d 0.0001 -43.8 ...((..(((((..(((((.(((..((((((((((((.((..((((((.(((.(((.(((.((.........))))).)))..))).))))))..))))))))))))))..))).)))))..)))))..)).. (-43.8)