mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGCGACAGAGCAAGACTCCA CAGGGTCTCGCTATGTTGCCAG CACACCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCATCTCTAAATAAATAAATAAATATTAAAATGAAAAAAGTATTTGGTTAATTTATTTAAGATACAGGGTCTCGCTATGTTGCCAGGCTGGACTCCAACTCTTG ATATTAGTCTAATGGGAGACCAGGCTCTGAGAGACCCTTGCGATCCCAGGACACTGATGTGGGGTAACTAACACCCACTGGAAGTCTACGCTGAGTTCACAGGCTATAGACTCAGAGGTTCCAGTTGAGATCAAGTTGGGAGACACACCCTTGTTCATTCTCCTTGAGAAGCAGCCATTATCAACAGAACATTGATAGAACCTGTGTTTGGGGAAAGGCCTGATGGCTTTGAGTCTAGGTTGGAAAGCAACCAGGAATGGCTGTGGTCTCCTCTTGCAGGCTATGCGAAGCGGTGGTGTTCTCTTGTTTCCCTGTGGCCGGTGTCCCTGGAGGGGAGCTGGAAGCTTTTTGGATCCTGAGATAAAGGCTTTCCTGGAGGAGAACACTGAAGTCACCAGCAGTGGTAGCCTCACCCCTGAAATCCAGTTGCGGCTTTTGACCCCCAGATGCAAATTCTGGTGGGAGAGAGCTGACCTGTGGCCCCACAGTGATCCTTACTGGGCAATCTACTGGCCAACATGGCAAAACCCTGTCTCTAATAAAAAAATATAAAAATTAGCTGGATGTGGTTAGCACATGCCTGTAGTCCCAGCAACTTGGGAGACAGAGGCTGGAGAATCGCTTGAGCTTGGGACATGGAGATTACAGTGAGCTGAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCATCTCTAAATAAATAAATAAATATTAAAATGAAAAAAGTATTTGGTTAATTTATTTAAGATACAGGGTCTCGCTATGTTGCCAGGCTGGACTCCAACTCTTGGGTTCAAGAGATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCTGAGTGGCTGGGACTACAGGCATGCATCACTGTACCCTATTAAAATAGTTATTTTTACTACATTTTATACTCATTTATGCTGCTACTCAGAAGGATTGATGTAGCTACTGTAACTGCACTGTAACAGTGATAACTGTTAACCACTTGTCACTGGGAAGGCGAAACAATCTGATTAAGCTCTATATTGATAGTACAGTTATTATGCCAGGCGGTGTCAGCTGATCAGCCTGGGAGCCAAACGCGATCCAGTCCGAAGGACATCTGGTAC 3 1 5' arm Macaca_fascicularis mirnest Metazoa_SRP 6e-16 hsa-mir-1273 0.00000000003 -46.3 .............((((((((((.(((((.(((.((((((.((((.(((((((((...((((((((...........))))))))....)))))))))))))...)))))).))).)))))))))))))))............ (-46.3)