mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGTGACAGAGCGAGACTCCG GGGTTTCACCATGTTAGCCAG CTGGCCAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCTTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTCAGCTTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGTGTGAGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAA GATTCCTCGAGCACTGTTGGCCTACTGGTAGTTTTTTGTATTTTTTAGTAGAGACGGGATCTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGTCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCTTGAGCCACCGCGCCTGGCCAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCTTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTCAGCTTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGTGTGAGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAACCACTTTTGTCCTCTGCCTACCTGATTTCCTCCTTTCCTGTGTCAATTACAGAAAATTTGCTCCTGTAGCTTTCAGTCATGATATTGGTGAACAGAGATGGCTGCCATCTGCTGGAATTTCAGTGACTAGCAGGCGTTTTTATTTTTAGAAACTTCCGGGTTTTGTTCTTTTTTTTTCTGTTTGCTTTGTTAATGTTGAACATTTAGAGACCCCATTTTTGTGCCAAACATGGCCTGTGACGTTAAAAGACTCGGTCTCTTTTACAAGGATTTGTGGTCTCAATAAATGGAGGCTATGAATTGGTTGAACTCCACTGTTGCCTGAACCATCCCCCCATCCCCAACTCCCTGCCTTTATTCCACTTCACTTGTGTTGATCCCTTAAGATCTTTCCAGAAAGAAATAGACAATGGATAAAATCAACATTGTAGGTTTTG 5 0 3' arm Macaca_fascicularis mirnest Metazoa_SRP 5e-45 ppy-mir-1273 0.00000000001 -53.1 ....((..((((((...(((((....(((((((((((((....(((((.(((((.(((..((((....))))....(((.((((((((.((((((..........))))))....)))))).)).......))).))).))))).)))))....))))))))))))).....)))))...))))))..)).. (-53.1)