mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACTACAATTACTTTTGCACC TGCAAAAGTAATTGTGGTTTT ACATATATTAAGTTGGTGCAAAAGTAATTGTGGTTTTTGCCGTGACTTTGAATGGTAAAACTACAATTACTTTTGCACCAACCTAATAATTT TTTGCNCGGNACTCGGTTTTTAAGCCCACTATGGGATGGTCACCCCGAGAACCGATTTTGGGTTTTGTGACGGAGGCTGGCCTTAGCTTCTAGAAAAGGAGCTCCAAGAGCAGTAGTGATCTCTCAGATCATCTTGTTCACCCTCCTCGGGGGAGATTTAGTCAAAAATCCATCCCAAGCTCTTCAAATATCCCAACGAAGAGATTTATTTATTTATTTACTTATTTATTTATTTTTATTTTTATTTTTTTGAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCCAGACTGGAGTGCAGTGGTAGAAATCACGACTCACTGCAGCCTTAACCTCCTAGGCTCAGGCCATCCTCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAAGCACATGCCACTACACCTGGCTAAGTTTTTTTGTTTTTGTAGAGACAGGTTCTCACCATATTGCCCCGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGAAATTCTCCTGCTTCGGTCTCCCAGAGTGTTGGGACTACAGGTGTCAGCCACCACATCCGGCCTCTTAAAGGCTTTATATGCAACATATATTAAGTTGGTGCAAAAGTAATTGTGGTTTTTGCCGTGACTTTGAATGGTAAAACTACAATTACTTTTGCACCAACCTAATAATTTA 0 0 3' arm Macaca_fascicularis mirnest mir-548 9e-20 hsa-mir-548aa-2 2e-17 -43.6 .....(((((.((((((((((((((((((((((((((.(((((........))))))))))))))))))))))))))))))).))))).... (-43.6)