mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAAAGTAATTGTGGTTTTTG AAACTACAATTACTTTTGCA CAACATATATTAAGTTGGTGCAAAAGTAATTGTGGTTTTTGCCGTGACTTTGAATGGTAAAACTACAATTACTTTTGCACCAACCTAATAATTTA TTTGCNCGGNACTCGGTTTTTAAGCCCACTATGGGATGGTCACCCCGAGAACCGATTTTGGGTTTTGTGACGGAGGCTGGCCTTAGCTTCTAGAAAAGGAGCTCCAAGAGCAGTAGTGATCTCTCAGATCATCTTGTTCACCCTCCTCGGGGGAGATTTAGTCAAAAATCCATCCCAAGCTCTTCAAATATCCCAACGAAGAGATTTATTTATTTATTTACTTATTTATTTATTTTTATTTTTATTTTTTTGAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCCAGACTGGAGTGCAGTGGTAGAAATCACGACTCACTGCAGCCTTAACCTCCTAGGCTCAGGCCATCCTCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAAGCACATGCCACTACACCTGGCTAAGTTTTTTTGTTTTTGTAGAGACAGGTTCTCACCATATTGCCCCGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGAAATTCTCCTGCTTCGGTCTCCCAGAGTGTTGGGACTACAGGTGTCAGCCACCACATCCGGCCTCTTAAAGGCTTTATATGCAACATATATTAAGTTGGTGCAAAAGTAATTGTGGTTTTTGCCGTGACTTTGAATGGTAAAACTACAATTACTTTTGCACCAACCTAATAATTTA 1 0 5' arm Macaca_fascicularis mirnest mir-548 1e-19 hsa-mir-548aa-2 2e-17 -43.6 .......(((((.((((((((((((((((((((((((((.(((((........))))))))))))))))))))))))))))))).)))))..... (-43.6)