mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGAGGGTCCCCATGTTCTCA AGGACACGGCGAATCCTCTATT AGGCAAAATTCTCCTATCTTTGAGGACACGGCGAATCCTCTATTCTCTCTTCTGTACTGCCGCCTCGTAAATCACTACTGTGATATTAGTGTTTTTTATTGGGCTTAGGCCCAGTGGTGTGTAGCAAAGCAGAATAGAGGGTCCCCATGTTCTCATAGTTGGACTGAGTTTTAC ATTCAATTCATTCATGACTTTATAATATACGACTATCTTTCTTGGTACAGGCAAAATTCTCCTATCTTTGAGGACACGGCGAATCCTCTATTCTCTCTTCTGTACTGCCGCCTCGTAAATCACTACTGTGATATTAGTGTTTTTTATTGGGCTTAGGCCCAGTGGTGTGTAGCAAAGCAGAATAGAGGGTCCCCATGTTCTCATAGTTGGACTGAGTTTTACAATAATATCAACGGGCTTAAGGAATGGAGCCACTTTAATGGTAAGAGTTATTTATTTTTCAACAAGAACCTTTTTCTGTTGCACGAGTTAGTATATACTATATAGTGTGTGTGTGTGTGATGTTGTAATATTTACGATTTGGGATTGTTCAATTTATTAAAAAATAAACAAGAACCATTTTCTTGGTTTTCGGTTTATGG 2 1 3' arm Arachis_duranensis mirnest 100 ahy-MIR3508 1e-35 -54 ....((((((((((...((.((((((((.((.((.(((((((((((((...((((((.(((((...(((((.(((((.((...)).)))))...)))))(((((....))))))))))))))))...)).))))))))))))).)).)))))))).))..)))..))))))).. (-54)