mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGTATGTGCATGTGAGT ACACATCTATATACACAGAAA CAAAGACTATACACACATCTATATACACAGAAATAAATGCATATCTGCCGATCTCTCAATTAAATACACATTTATTTTTCTATCTGTAAGGTAAATATGCATATCTAGACTTCTAGAAAAGCATTTATTTGTGTGTATGTGCATGTGAGTGTCTATTAG TTATTATTATTATTATCATTAGTATTATTATGTACTATTATTACTATTATTATTCATTATTACTGTTATTATTATTATCATAATTTTATTACAGTTGTTGTTATCATTATGTCACTATTTTCATCAACATTATTTTTATTATTATTATTGTTAATATTATCATTATTTTGTTATCATTGTTATTATTATTATTATTATCATCATCATCGTCATCGTCGTCGTCATCATCATCATCATCATCATCATTATCATCATCAATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCACCATTGTGAGATTGAGGTTAAATATGTATTTACCATAATGTATGTACATTTGTATTCTTCTCTACTTTATTATAATGTCTCATACCACGGAGCTTATGAATGATTTCTATGCAACATTATTAGTTATCCAGATAGGGTGAATAACCAAAGACTATACACACATCTATATACACAGAAATAAATGCATATCTGCCGATCTCTCAATTAAATACACATTTATTTTTCTATCTGTAAGGTAAATATGCATATCTAGACTTCTAGAAAAGCATTTATTTGTGTGTATGTGCATGTGAGTGTCTATTAGATCGGGCCTGGCATAATTTTAACAAAA 3 0 3' arm Litopenaeus_vannamei mirnest 100 100 -37.4 ...((((...((.(((((.((((((((((.((((((((((((((.((((............(((((......)))))............)))).))))))...(((((....))))).....)))))))).)))))))))).))))).))))))..... (-37.4)