mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTAATTAAGGATAAGGTAA CTTCTGTTTTTAATTATTTAA ATTCCCTAATTTAGTAATTAAGGATAAGGTAAGATATTTTGACTAACCAACAATTAAATTATTCTTGCGATATATTTTATGGTGATTTTCAGCTATCTCGATCCAGTTTTTTTTCTTCTTCTGTTTTTAATTATTTAATTTTCCTA GAGCTACTTACTGTTTTAAGAAATGAAAAAATAAAAAAAAGCTTTGCTTTACATTTTAATTACATTTTAATGGTAAGGAAGGATTCCCTAATTTAGTAATTAAGGATAAGGTAAGATATTTTGACTAACCAACAATTAAATTATTCTTGCGATATATTTTATGGTGATTTTCAGCTATCTCGATCCAGTTTTTTTTCTTCTTCTGTTTTTAATTATTTAATTTTCCTACTAAACGAAAATTTTTGTGTATTCATGAAGATTGTTCTTTTTCAATGTTCAAAATCATCTTTTTATTTTGACGTCAATTTGGGGGG 3 0 5' arm Litopenaeus_vannamei mirnest 100 100 -17.9 .......((((.((((((((((((((.((.((((......((((.((((.....((((.((((.....))))...))))))))((((............)))).)))).....)))).)).)))))))))))))).))))...... (-17.9)