mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCAACAAACATTTATTTTAG AAAAAAATTGCTTCTTTGAATT GCCAATCAACAAACATTTATTTTAGTTATCCTCCAATCTGATACAGTTTTCTATATCTCCAATATTATTCATAAAAAACTAGGGTATTCCGAATTGACAAACTATGCTAAAAAAATTGCTTCTTTGAATTC GCCAATCAACAAACATTTATTTTAGTTATCCTCCAATCTGATACAGTTTTCTATATCTCCAATATTATTCATAAAAAACTAGGGTATTCCGAATTGACAAACTATGCTAAAAAAATTGCTTCTTTGAATTCATCACATACTTATGAAATACATGTTTTCGTCTTTACAAAGGTTATTTCATTCGAGTGGGCTGCTTTACAGTCATAAAACTTAGGAAATTTGGAAAATGGGATAAATTACATAAGGTAAAATTTTCTTTTCCTTTCTTTCTCCTCTCAGTATATTATGCATTGATTTATTAATCTAATTCTTCATTCATATTATTACTGAACAATTTAGTTTGTGTCCTAATGCAAATAACTATTCATTCAATCTGGTGATCCATTAAGCTGTTTTGTCAATGTATCCTGTATGTTGAACCGGAGGGTAACAGCAGTAGCAATCCCCATTACAGCCCCTTTTCGACAGATAATATCCACTTCTGCAGAAAGAAGGGTGACCCACGCAGCGGCCCCCGGACGCTTGGCAAGACGATTCCATTTCACACTTTCTGCAGCACTGACAATATGGACTGTGACACTGTACTGAGATCGGGTACTCGTTCCACTGGCATGTCCTCCTGCACGTGGCCCCTTCTTTTCGTAAACAATCGGAAACATATTCTAACGTTGCAGTTCAGGCAGCAGCCACAGCAGTGCTGGTTGGGACAGGAATCGGGGAGGAAATAGTCGCAGCGAATCAAGTTGCTGTCGTAGAGATAATTGTGACGGCACTCGCTCCCGTGGACGTACTTGCACTGGCAGGAGTTCGAGCAGCAGCGGTCAGGTGTTGAGATCAGGTAAGCCGTATCGTTGGTGCACATCCCGTCAGGCAGGTCAAGTTCCCTTATCTCGAAAGTGTTATCGTCAACTGCCCTCTTGTACGAGTCTGCGCATGTTGCACACTTCGTCGCTGCATCTTCGCTGAAGGATGTCCCAACGCAGAAGAGAAGCCAAAATAAGGTTAGCGTCTTTGCCTCCATCATTCGTGTTGTTGTTGTTGCTTTTGCTGTCGCTGCTGTTGCTTTCTTCCTTGTACTCGTAAAAAGAAAAAATGCTTGAGATACGAATTCAAGCTAAAGCAACCGAGCGCCGGCTTGAACTG 5 1 5' arm Litopenaeus_vannamei mirnest 100 100 -11.8 .....((((.((.((.((.(((((((.......((((.((((((((((((.(((................))).))))))...))))..)).)))).........))))))).)).)).))..)))).... (-11.8)