mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTTGTTTGGTTTTTTTTGG GGACAGATATAAAAAACTAGT TAACAAATCTTCTGGACAGATATAAAAAACTAGTTAAGGTTGTTTGGTTTTTTTTGGAAGAGTTCAA AATTTGACATATTCCTCCCTTCATATTTTTCAGGCAGAGCAGGGTTGGAGAATAAACAAACCTCTTTGTGCCATGAGAATGAATAGTCAAGTCTTGGATGTAGTAGGACTGATAGATTTCAAAATTAGCCTGTCAGGCATCATGTATGAAACATATTTCAATTCTCATGAGAAAGCCCGTACAACCAGAGCAAGCCAGTGAGAACAAAACCAGACTCCAAATGAGGAAAACCTTTTTGGTTGAGCATTAAGCGGAATGAACTTTAATCGTTTTGCTCCCAGATTTATTGGAGTATAAATTTTCAGGGACCAGGGTCACAAAACCAAATGAAGTGTATTCTAGTCCAACAAAAAATTTATACTGCTATAAACCTGTTAGTTTCAAGATGTCACAAGACTTTCTTGAAATCAACGACCACCTTCTTTGAAAAGAATTAAGTGCCATATATTTTCCTAGAATGCGTGGGCTGAAATTGTCTCTCTGTGTACAATTTTCTGCTACTTTGTAACAAATCTTCTGGACAGATATAAAAAACTAGTTAAGGTTGTTTGGTTTTTTTTGGAAGAGTTCAAATTGACTGCCTCTGCTGATAACATTGCATTCCTTTGCATTCATTGATTGTTAAATTGTTCTCTGATCCTGAGAAGATTCAGGGCGTGATAAATATTGTACCATGACCCTTGTTCCTAGAGCATGATGTTATATTTACTAACAGTCCTCAAATTGATCTGGTAGGAATGT 5 0 3' arm Anolis_carolinensis mirnest 100 100 -15.7 .......(((((((((.(((..((((.((((......)))).))))..))).)))))))))...... (-15.7)