mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTATTTTGTTTTTTGTTTTG ACAACAAGGGTTAACAATGCATG ATAAAATAAAGATTCTGCTTCTGAGGTGAATACTCTAAACATAATGAAAGAAAAAAAAAACAACAACAAGGGTTAACAATGCATGGATTTCAAGGGGCTCGGTTTAGTTTCCTTTGGATTTTATTTATTTTGTTTTTTGTTTTGTTTTTATTATTTTCTTAATTTTTGTGTTCTGGCCACACCCAGGAGAATCTTCTGCTTTT TATATAAATTTATACAATTTGAAAGCAAGTAGATCAAATGCGCTGGAATTCTTTTTCCTATTTTTCTTTTTGACCATTTCTCCAGGCTTCTGGCTATTGGATTAGTCTATGTGTGTATCCAAATAGATCAACAATTGAAATTATGGAAAATCTATTCCAGCACAATAAAATAAAGATTCTGCTTCTGAGGTGAATACTCTAAACATAATGAAAGAAAAAAAAAACAACAACAAGGGTTAACAATGCATGGATTTCAAGGGGCTCGGTTTAGTTTCCTTTGGATTTTATTTATTTTGTTTTTTGTTTTGTTTTTATTATTTTCTTAATTTTTGTGTTCTGGCCACACCCAGGAGAATCTTCTGCTTTTGATTTCTCCCTTTACGGTTACATGGTAAATTTTCTTTCTCATTCTTCAGAGATGGAAACATTTTTAAAAACTCTGTACAATTATTATTTTTACACTGCTCATCCTGTTGCTTGTTATTTATTGCAAAATCTGAGGCCAGACTAAAAGGATGATGGTTACTCGGTATCTTCAAGGTCCTTGAACAGCTCCTTAAGAAAATGGGGTGCTCCTGGACTGCAGATTGTTCCAGGTTACAAGAGGGATATGTTTATGAACATTTAGTTCAGTCATCAGTTACTCAGTCTGGATAATATCTTCAACTTAAAGGGATGAAAAGGCTAACTATAAAAATTAGCCTCAAAATCAGCACTGATTCTAATTGAAAACAGAATGTTTATAATATTTCATGGCTTCTGAGTCCAAGGCTGCGATCTGCTTGTACAATTTTCATCCAGTAT 2 2 3' arm Anolis_carolinensis mirnest 100 100 -44.4 ........((((((((...((((.((((.....((..(((((((.(((((((((.((((((((.((((((((.(((.((((.(((((.(((((((((............))))))))).))))).))))))).))))))))))))))))....)))))))..)).)))))))..))...))))))))))))))))........ (-44.4)