mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCATGGATCCCCAGGTGTTTT AACATCTGGGAACCCACAGGT CTGTGCTTACTCTAGTAAAGTGGTTCTTAACCCATGGATCCCCAGGTGTTTTGACCTAGAACTCTCAGAAATCCCAGACAGTTTACCAGCTGTTATGATCTCCAGGAGTTGAAGGCCAAAACATCTGGGAACCCACAGGTTGAGAACCACTGCTCTAGTAGAATATTC AACACTGTGCTTACTCTAGTAAAGTGGTTCTTAACCCATGGATCCCCAGGTGTTTTGACCTAGAACTCTCAGAAATCCCAGACAGTTTACCAGCTGTTATGATCTCCAGGAGTTGAAGGCCAAAACATCTGGGAACCCACAGGTTGAGAACCACTGCTCTAGTAGAATATTCATATGGCCGTTCTTCTTTGTGTCAACAGTCAACTAACATTTAACTTCACTCATACATTTCATTATTTCTTAATTACCTGACAAAATTACAGGTTTTCCAATAGTTTTTATAACATACAATTTAATTCCAGAACAAATACAATCATATTACATATTTTTCAGTCTTCTTGTAGTAGATACGCATTGACACAGATATTATTTTGCATTCATACTGCTATCAAATTTCATGGTTTCATATTATATTAAAAAAGATTCTTATTTCAGCATAAGACTTTGCAAATGCTAACTCACTGAAGAAAATAACTGGAGCCTATAAAATCCTATCCTGAAATTTTAAATAAAGGTTAGTCTTACAGGACAGATGCCCTAAGCAGTCAATACAATTTGCAAACGCTAATCAGACTTGTGAATGAGTCAGTATGTGCTCAAAATGTCACTCTAATGAAAATGTTAGAAACAGGGATAGGTACAATATCTTCAACTGTTTATGGTCTTGAGATAAAACCATTCGCAATCTGCTTTCAATGTACAGTAGATAGGTGGGTAGATAAATGATAGACAGACAGAGACAGACATTTGGCTACATCTCTGGGTAGACAGATTGATCACGGTTCCAAATCTGTTCTGGTATGGATATCCTCCTCATTCTCAGTGCATA 5 0 5' arm Anolis_carolinensis mirnest 7SK 2e-22 100 -62.2 .........((((((...((((((((((((((..(((...(((((((((((((.(((..((((((..((.(((...(((((((....)))))))..))).))..))))))..))).)))))))))))))...)))..))))))))))))))...)))).))....... (-62.2)