mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGGATTATTTTGTGGGTTG AACCATGAAAAAATTCATTCC TACTTTGCCATTCTTAACATGAATGGATTATTTTGTGGGTTGGGGAAGATGGAACAATTCTAGCTACAAAAGTCAACTTCTTAATTTTCATTAAACCATGAAAAAATTCATTCCTCTAGGAAAAAAGCAAGT TTTTTTTTTTTTTTCTGTCAATTTGGGCAGTATATTCATAAAGTATGAGCAAATACAAACATTGTTTACTTTGCCATTCTTAACATGAATGGATTATTTTGTGGGTTGGGGAAGATGGAACAATTCTAGCTACAAAAGTCAACTTCTTAATTTTCATTAAACCATGAAAAAATTCATTCCTCTAGGAAAAAAGCAAGTTCTTGTTAAAATCTGCTTATTCTTTTGGGTTCTCCTTTGAAACCTAACCTCAAGTCCCAATGCTGCTTTCATTATTTTAAATGGATTTTTAGACATTCAACAGTACACATATATTATCTGTATGTGTTATAAATATATATCATATATACACATACACAGTGTTTAAGTAGGCAGACTTTATGAACTTTACATTTTATATGTTTGCATGTGTAAGAAAAATCTCACATTTGGTATGACTAATGGCAACTTACTTTCATCTTGGCATGATTTTCTTTTGCGACATTTAGGTCTTGTAATGCAAGGAAAGGTACAGTTCTCAAATATATTTCCAAAAGAATTCATGTCATTTCCTCTTCCTATACCAATTTTCAACTAACGTCACTTCTTTCTCTAGAAAATAATAAGGCAGCAGGTATGCATGTACAACTCCTATGCTGGAGTACGGATGGAGCCATTGCAATGCATATACAAACAGTCACACGTCCCTCTTTACAATGCCATCATCCCGGGCCGTAATGGCCGAATTCCCGGGCATATGTCCGGTACCGTCGACTGATACTTCGTATATGTATGCTATACGAG 2 0 5' arm Anolis_carolinensis mirnest 100 100 -27.8 ...(((((..((((((....(((((((((.((((((((.((((.((((((((((........(((.....)))....))))..)))))).)))).)))))))).)))))))))...))))))....))))). (-27.8)