mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACATACTTCTTTACATTCCA GGTACATAAAGAAGTATGTGCT CCTATCAAAAATACATACTTCTTTACATTCCATAACATTGTATCTTCATATGGGTACATAAAGAAGTATGTGCTCTCAACAG TTTTTTTTTTTTGGGAAATTATGTAGTAGCTATAATCATTTGGCAAATAAATTTACTATTGTTGCTTTAATCTTCTTAGAATTTGACCTGAAATAATGTGTACATGTATTGTATTAGTAACAGTAGTACAAATATTGTACTGCCCAAGAATAGCGTAGTCGGCAAATTTTAAACATGCTACTATCTCACAATTGTAAAACAAAAAACAAATGTGCAGTTTCATACTATTACTTGTACATGTTAATTTACATGTTAAAAGATCAGCATTTTTTTTCATCAGGAGTTTAATTCAGCTTTCTTTTCCTGGTAGTTTGTACCTATCAAAAATACATACTTCTTTACATTCCATAACATTGTATCTTCATATGGGTACATAAAGAAGTATGTGCTCTCAACAGGTTTAATAGCTGCTGTTTGCTGAACAAAGCTGAAAATCGTTTTCCTCTAAGATGCAAAATATTTTTCCCAGTTAGTTACAACAGCAGATTTGAGTAAATAAGTCCTGTTATTGGTGATGCTAAATTCCACAATGTCATTTATCTGCATAGTAGTTAAAACCTATTAAAATCATTATTTTTTTTCATGAAGATTTCAAGTAGTTATCCACAATTCTGTTGTTTCTTACTATTTCTTAACGTATAAAGAACAATATGATTTCACGGGAAATACAAATGCTATCATGAAATTGTACATTATACTTCACCTTGTGCTTCTGTTGCCATTTGTCTCATCAGTACTTATATACTATCTAATCTTCCCAGTCCAGGACTTTGCT 3 1 5' arm Anolis_carolinensis mirnest mir-1 4e-37 gga-mir-1a-2 5e-30 -19.5 ...........((((((((((((((...((((((..............))))))....)))))))))))))).......... (-19.5)