mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTGATGTTTTTTGTTTTN GAGNAAAAGACAATTACAATTA TATTGAGGGATTTTGTGATGTTTTTTGTTTTNNGTTTTTGTTACTGTTTTTTTAATTTTGCTCCCTGGCTGTGTTTATGGAGGAGGGTGGGATAGATTAATCAAATAAATGTTTGTTGATGAGGAGNAAAAGACAATTACAATTACCAAAAAA GGCCCACAGATTCCCACCACAGCATATATCTTTTTGAGTTCTTTTGCCTGAAACATTTTACCACCTAGTGACCACCCCTTGTGATGAATAACCATTTTTCCCTGTCCTAGCTCATGATGATGCCATCTGGTCGGTTGCCTGGGGGATGAATCCACGAGAGAACTCTGAAATGATTGTCTCAGGATCTCTGGATGATCTAGTCAAAGTGTGGAAATGGTAAGTTGATTTTTCTGGGAGCGTTAGGCTTAAAAAAAGTTTTTGAATTCTCATCAGGTTACATCTTTTTTTTTTAACAGTGGTGAATTTAAATTGCAAAAAGAAACATACCTTTTTGGACATGGCTAACGTGGGAATTTTGTTTTACCAAACTATGTGGATCTGTATTGAGGGATTTTGTGATGTTTTTTGTTTTNNGTTTTTGTTACTGTTTTTTTAATTTTGCTCCCTGGCTGTGTTTATGGAGGAGGGTGGGATAGATTAATCAAATAAATGTTTGTTGATGAGGAGNAAAAGACAATTACAATTACCAAAAAACTCCAAACCAACAAGCCAGGAANNGTGA 3 1 5' arm Trichosurus_vulpecula mirnest 100 eca-mir-545 0.0005 -28.8 ......((....((((((((((((((.((((..(((..((..(((((((..(((((((..((((((..((...........)).))).)))..)))))))..)))))...)).))..)))..)))).))))))).)))))))...))...... (-28.8)