mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTGTTTTTTGTTTTT ATTAAAAAACAAAACAAAAC CACAGCACAACAAATTAAAAAACAAAACAAAACTCATGCCACTGTATGTTGTCTTCACGTGTCTTGCAATATACTGTTTCAGTAGCCAATCCTGTTTGTTTGTATATGAAAGGGTATAGATTTTAGGTTGTGTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTGACATCTACT GGTGAAAGTGTTACATATTCTTTCACTTGTATGTACAGAGAGGTTTTCCTGAATATTTATTTTAAGGGTTAAATCACTTTTGCCTGTGTTTATTACTGCTTGAAGTTGAGCCTTTTTGAGTATTTAAAGAAAAATACCAACAAAACTGTACTTTCCCAAGGAAAATATTGCCATCATTTGTAGCCCATGTAACCTTCAAGTATGTGCTATTTTTTTGTCCCTGTATCTACTCAAATCAGGAACTGTACTTTTTTGAACAGTTTGCTTTTAAAACTTGAAGTCCTGGAAACAGTGTGATGCAATTACTGCTGTTCTAGCCCCCAAAGAGTTTTCTGTGCAAAATTTTGAGAATCAATAAAGATGGAAGGGAGAACTTGGAATGTTTTAACTGCAGCCCTGAGAACTTTACTTTAGTCACAGCACAACAAATTAAAAAACAAAACAAAACTCATGCCACTGTATGTTGTCTTCACGTGTCTTGCAATATACTGTTTCAGTAGCCAATCCTGTTTGTTTGTATATGAAAGGGTATAGATTTTAGGTTGTGTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTGACATCTACTGGGGGAAAAGTGCATATTCAGCCAAATGGTAGTGAGCCAAGCGTGTATTGCAAGAAAGATAGGAAATTTGTTATATTATAGACAAAGCATGTGGAAGTGCACTTAAAATTAAGTTTTATTAATTGCCTATTACATTGATTTTAAATTGACAATCCAAAGTCTTCCNNACATGANNNCACATCTATTTATGAANNGTTGCTC 1 1 3' arm Trichosurus_vulpecula mirnest 100 100 -33.8 ..........((((.(((((((((((((((((....((..((.(((((((((.............))))))))).))..))..((((((.((((...((((((((........))))))))..))))))).))).)))))))))))))))))..))))......... (-33.8)