mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTGTTTTTTGTTTTT ATTAAAAAACAAAACAAAAC ACAGCACAACAAATTAAAAAACAAAACAAAACTCATGCCACTGTATGTTGTCTTCACGTGTCTTGCAATATACTGTTTCAGTAGCCAATCCTGTTTGTTTGTATATGAAANNGTATAGATTTTAGGTTGTGTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTGACATTTAC GATAGTGAGCTACAGTAGTCACCCGTGTTTGTGCCTCCCTTCTTTAATGGGGACATTAGGGCTGGAACAGCAGATTTCAGCTGCTTGCATGAACAAATTCTTTATTTTTTTCTTTTCACGTGAAAGTGTTACATATTCTTTCACTTGTATGTACAGAGAGGTTTTCCTGAATATTTATTTTAAGGGTTAAATCACTTTTGCTTGTGTTTATTACTGCTTGAAGTTGAGCCTTTTTGAGTATTTAAAGAAAAATACCAACAAAACTGTACTTTCCCAAGGAAAATATTGCCATCATTTGTAGCCCATGTAACCTTCAAGTATGTGCTATTTTTTTGTCCCTGTATCTACTCAAATCAGGAACTGTACTTTTTTGAACAGTTTGCTTTTAAAACTTGAAGTCCTGGAAACAGTGTGATGCAATTACTGCTGTTCTAGCCCCCAAAGAGTTTTCTGTGCAAAATTTTGAGAATCAATAAAGATGGAAGGGAGAACTTGGAATGTTTTAACTGCAGCCCTAAGAACTTTACTTTAGTCACAGCACAACAAATTAAAAAACAAAACAAAACTCATGCCACTGTATGTTGTCTTCACGTGTCTTGCAATATACTGTTTCAGTAGCCAATCCTGTTTGTTTGTATATGAAANNGTATAGATTTTAGGTTGTGTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTGACATTTACTGGGGANNAGTGCATATTCAGCCAAATGGTAGTGAGCCAAGTGTGTATTGCAAGANNGATAGNANNTTTGTTATA 1 1 3' arm Trichosurus_vulpecula mirnest 100 100 -31.8 .........((((.(((((((((((((((((....((..((.(((((((((.............))))))))).))..))..((((((.((((...((((((((........))))))))..))))))).))).)))))))))))))))))..))))........ (-31.8)