mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGATGAAGAGATTAATGATA TCATTAAATCTTTTTCTCAA CTCAATATTATCTCATTAAATCTTTTTCTCAATGATTTGGATGAAGAGATTAATGATATGTATAACA CCTAATCAAAGAGTCCTGGTGGTGGTTCAATATGGGTAGAGGTCTCTAGTGGTATGCCATGTGGCTCTGCCCTCAATATTATCTCATTAAATCTTTTTCTCAATGATTTGGATGAAGAGATTAATGATATGTATAACAGATTTGTGAAAGATACAAAGCTGGAATGGATAGTAAACAGTCTCAGGATCTAAAAAGACCTTGACAGCCTAAGTCTAGTGAAATGAAATATAATCATGATAAATATAAAACCATGTGCTTAAATTTTAACAAGTAATTACACAAGTACAGAGGAAGCATGCAAAAATAGACTTAGGACTTTTAGTTGACTCGAAGCTCATGTCATGAATTAGGAGTATGACTTAACATCCAGAGAAGCTGATGTAATCTTGGGCTACAGGAATATAAGTATAGGGTCTGGAACAAGTGAACACTGTGCTCTGTGCTTGTTAGATTATATCCAGTGAACTGTGTTCAGTTCTGTGTCTTCTGCATTAAGACAGGCATTAGCAAATTGAATCAGAAAAGGCTAAGTAGAGTGAGGAAAGGTCTTAAGAGTAACAAAGGAAATGAGATTGTTAACAATTCAGTAGGGAGGATCAAAAGCATGGCTTCCAATATTTAAAAGGACTTTTATTTATGTAGAGATTAGATTTTCATTGGCTCATCTCCCACTCCAGACTCATTNTGTTGAGCTCTGCACATCAAAACTAAGATCGTATAAGAAAGAAATCTTTAATAATTAGAGCTACAANNAATGATATGGATTACCTTGTANNATGATGAGCCCCCACCCTTGGGAAGTGTTCTNAANNCTGGATGTNTGTCTGTT 4 1 3' arm Trichosurus_vulpecula mirnest 100 100 -12.8 ........(((.(((((((.(((((.(((.((...)).))).)))))..))))))).)))....... (-12.8)