mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATATTGCTTCTTAGTTCTG CGATTATAGCTATATGACA TTATATTATTATAGTCATTGTTCATATTGCTTCTTAGTTCTGCTTACCTTGTTCTGTAACAGTTTACAAGTCTCTGTTTCTCTGAAGTCTGTATATTGTTTGTTACAGTACAATAATGTTCGATTATAGCTATATGACACCCTTTGTCTAGCCATTC TGCCTTGTTATCCCTATGATTTCAGTGTTAATAAATTACTCCATTTTGTAAAAATATGCATTTCTTTTTTAAACTCCAAGTTCTATTTGGTATTTTTTGATTTTGTATCACAGTAATTTCTGGATATACTATCCTCCCTCTCTTCACCTAATTGTAACAGACAAAAACAAGAAAATAAAACGAACTGATACAGTAATGGCATCTAATAATGTACGCAACATTTTGCACCGTAATCCCTTATCTTTCTACTGAGAATCATGTTTTATCATCTGTCCTCTGGGACCGATATTTGGCATTGCAATTACTCAGAGATTGGCTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCTTTTCATTTATATTATTATAGTCATTGTTCATATTGCTTCTTAGTTCTGCTTACCTTGTTCTGTAACAGTTTACAAGTCTCTGTTTCTCTGAAGTCTGTATATTGTTTGTTACAGTACAATAATGTTCGATTATAGCTATATGACACCCTTTGTCTAGCCATTCTCCAATCAGTGGGAAGCTACTTCATTTGCAGTCTTTTATGATCACAGGAAGACCTGCTATAAACATTTGTCTAAATATATGGGAGCTTTATGAGACACATTCTTAAGNNATACCGATGCTTTTTTGTCTATCAGATGGTATAAATGACTTTTCATGTAAACANNGATATTTAATTAATTTAGTATTACCCTCCTCAGTATAACTCCTAGATTAGTTCTTTACGAGCATGAGTTCCAGAGATGCTGGAGAGNNGGAAANAAGAGATGCTAAATTGAAAGTTAAATTT 4 2 5' arm Trichosurus_vulpecula mirnest 100 100 -25.8 ...........(((.((..((((((((.(((...(((((..((.....((((.(((((((((..((((.(...((..........)).)))))......))))))))).))))....))..))))).))).)))))).))....)).)))....... (-25.8)