mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTATACATACACACACACACC TGTGTGTGTGTGTGTATACAC CATAGCCTTCTTCTAGGATATGTATACATACACACACACACCCACACACACACACACCTTGGATAGAAAGTAAAAACAGACATATGGATGTATGTGTGTGTGTGTGTATACACTCAGAGACGCACATATAA ATAAGGGAATAGTGAAAGGGATACAGGAAGAAATTTAGGTGACATAAATACAAAAGACACCAATAAAATGTACTTTTAAAAAATCTACTTTGTTTTTTATAGAAAAATTTTACTAGAATTATCATGACAGACTGAGAGGAAACACATTAAGGGTATTAGCAGGATACAGGAGAGCATCTGTAAGTAATATCATACAATAGGCCACATACTTAATATCATACAACTGAATGAAAAATATAGAGATACCTACTCCCTTTATGCTACACAAACTGCAAACTGTACAAACATGCATGGTCAAACTCATCTAATTGCATAATCTGGACAATCAATATTAGTTATGCATTGAATCTTTCTAATGTGGATGAATAGGAAGACTAGTGAGCGATCATAGCCTTCTTCTAGGATATGTATACATACACACACACACCCACACACACACACACCTTGGATAGAAAGTAAAAACAGACATATGGATGTATGTGTGTGTGTGTGTATACACTCAGAGACGCACATATAAGTGGCGACATATAGACATATATGCATGTGTGTATGGTTTCCTTTTCAAATTTACAGAAAACACAAAAATGAGAAGGAGGGATAAATAACACACTGGGCGACAGACTCCAAAAAGAACTTGATGTCGCTCCAAATATAATAATACCAAATTTAATAGGAACAAATGCAAAGCCTTAGACTTGGGTTCAAATAATCAATTTAGCGAGTATCAGATGTGGGAAGAATAATTAGACAGCAGCAGTTTGCCTTGGAAAGATCTAACAGTTTGAGTATGCTACAATCTCATTATGAGTGAACNAAGCGACNNAACAGCTTAAANAAACAACTAATGAAATNTNNTTGCAGAAA 2 0 5' arm Trichosurus_vulpecula mirnest 100 100 -31.365 ....((.((..(((.((...((((((((((((((((((((...(((..((..................................))..))).)))))))))))))))))))))).))))).))........ (-31.365)