mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACAATATCCTGGTGATGATG TATATTAGTGTGTTGTTGA ATCTTTGAAAAAACAATATCCTGGTGATGATGAAACATATGAAATTTTTTCATATATTAGTGTGTTGTTGAAATGGGCT TATATAAATTAATATCTTTGAAAAAACAATATCCTGGTGATGATGAAACATATGAAATTTTTTCATATATTAGTGTGTTGTTGAAATGGGCTATCCAAGTGTTCCAGAAAACAAAAAATGAAGCCATAAATTCCAGTGTAATTTACTTTAAACTTTTTTTCTCTGAATTCTAAATGACATAGTCATACTTTGCTAATGAGATCAGAGACAGATTCAATCAGGAGAATCCACAGAGTAAAAAGTTAAAAGGGTGAGGGGATGAGGGTAGGGGTCGTAATTCTACATTTTCTACCTAGCAACGGGAAAAAGAAGTTAAAAACAAATAACAGATAGCCCCAGCTTTTTGTCAGGCTGAAATTAAAGTGGAATTGAAGCTGTATGTAGAACTGGGGCATATTTTTTTAAAAAATTATTGTATGATTTAATTCTATCTGTAGTTAAGAATTACAGTTCCCCCCCCAAAGTAACAATTATCAACTGAATGATCTCAAATGCCCCTTCAATACTGACATTCCATTATTCTAGCTACTATAACAACACATTCACTTAAGTCTTGAAAAGTCAATATTATAAATTCACTAGAAAATAAAATTGCATACTACCATTATGAAATGACTGCTAAGGTGCATTTTTGGGCTATAATATCAGATGTTCCTAATACAAACAGAAACAGTTAAATATATTTCTCAGCTTACATACAACAGACAGTATTTTTTGCTGTATTACAAGTCTTTTATNNTATGCTGACTCTAAATTCCCCACACTCAAAACTTTGACCTAAGTATGTAACTAAAANNTGTTTGCCATTCT 2 2 5' arm Trichosurus_vulpecula mirnest 100 100 -13.8 .(((.......((((((((.((((((...((((((............)))))).)))))).)))))))).....))).. (-13.8)