mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTAAATGCTACAGAATCGTAC GTGTGTTTGTAGTGCTTTTCT CTGGAATTCAGTGTGTGTTTGTAGTGCTTTTCTCATCTGGTGCATCTGATCAACAGGGGAAAAAAATCAAGAGAGATGTAAATGCTACAGAATCGTACTGAACAATG ATATTTCCAACTTATGCAAATAACCTTCAATTTCCTGGAATTCAGTGTGTGTTTGTAGTGCTTTTCTCATCTGGTGCATCTGATCAACAGGGGAAAAAAATCAAGAGAGATGTAAATGCTACAGAATCGTACTGAACAATGTTGCAATGAAAACTTTTAAAAAAACACTTCAAGGAAAACAGTTTGAATTTGTTCCTAGGCGTGGCGGCTTTGCGCAAGGTGGAAACTCCCAGGGCCACATGATGCAGGGTGGTGCAGTACAAGGCAGAGGATTTGGAGCACAGGACAGAGCCAACCGAGGCAGTCACCCTCACTTCACCCGCCGATACTAAGTAGTAACTTCTTGTTTTGTTGTTAGGTGGCGGCAGTATTGAGTTGTTTTAGCCAGGGTTCCCTTGGACTTGTGGGTCTTTTTTTTTTTTGAACTCTGCCACCATATTGAAGCTCAATACGATGTGAACTCATTTGGGTTTTTTTGTAATAAATGTGTTTTTGTTCATACCATTTCTTTAAAGAGTTTCTGTTAATGAAGCATTCCATTTTCCATTAATAAAAGTTTACAGTTACTGCTGCTCTTTGTTTCTCTAGAGTTTGACAAAGCTTTATTACACAATTGATGTCCAAAAATGCTGTCTTGCCCTATCATTTACTTGTTAGGAGCTGAAACTACATGTTGTCTTGAATGTTTTACACGATCTTCTCCTTTTGCTCCTACTCTTCACTGCTGAGCGCTCAGTTTAACCTTATGAATGGGGAAACCAAGACCCATNNGGGAAAGGTTGCCAGTGACATCACGAGCAGTCAGTGGTAGTGGGTGGCCCTGGAGTCAGATCTTCTGAAACCCAGCATCCCNNTTCCCTGTANNTNCTGAANTTCAAAGCTCTT 5 0 3' arm Trichosurus_vulpecula mirnest 100 100 -26.1 ......(((((((((..(((((((((.((.((((.((((((...((((.....))))........))).)))))))...)).)))))))))..)))))))))..... (-26.1)